В 1471 году в Хутынский монастырь приехал Иоанн Васильевич Третий, дабы поклониться святым мощам, и, по легенде, стал выпытывать у игумена, почему не вскрывают раки, чтобы все могли прикладываться к святым мощам. Когда по его повелению стали раскапывать могилу преподобного Варлаама, из земли вырвался огненный столб, опаливший стену и южную дверь иконостаса. Великий князь в ужасе побежал из церкви, ударяя посохом в землю, причём из земли выходил огонь не только в церкви, но и в монастыре. Бросив посох, великий князь в большом страхе покинул монастырь. Этот посох и опалённая дверь алтаря хранились в монастырской ризнице.

В 1553-1557 годах игуменом монастыря был крупный агиограф и самый видный распевщик новгородской школы XVI века Маркелл Безбородый.

В 1611 году монастырь стал резиденцией командования шведов, напавших на Великий Новгород.

Настоятелями Хутынского монастыря с середины XVIII века были викарии Новгородской епархии, носившие титул Кексгольмских и Ладожских (1759—1763), Старорусских (1787—1892), Кирилловских (1892—1907), Тихвинских (1907—1921).

В Спасо-Преображенском соборе Хутынского монастыря захоронен прах великого русского поэта Гавриила Романовича Державина и его супруги Дарьи Алексеевны. Державин скончался в 1816 году в своём доме в имении «Званка». Гроб с телом покойного на барже по Волхову отправился в своё последнее пристанище. В монастырском соборе погребены также архиепископ Антоний (Знаменский), епископ Старорусский Сильвестр (Цветков) и епископ Кирилловский Арсений (Иващенко).

Монастырь был закрыт в 1925 году, но до 1932 года в монастырском соборе ещё совершались богослужения. Титул архиепископа Хутынского носил Алексий (Симанский); в соборе в 1930—1932 годах пел и читал на клиросе будущий архимандрит Павел (Груздев).

Во время Великой Отечественной войны монастырь был разрушен и более 40 лет оставался в руинах. Пострадала и могила Державина. В 1959 году состоялось перезахоронение останков поэта и его жены в Новгородском Детинце. В 1993 году, в связи с 250-летием поэта, его останки были возвращены в монастырь.

С 20 апреля 1994 года — действующий женский монастырь. Настоятельница: Игумения Алексия (Симдянкина). В монастыре проживает около 100 сестёр, есть подворье в деревне Быково Валдайского района.

Духовник обители — игумен Макарий (Шамсутдинов). По словам одной из паломниц: «Самое неизгладимое впечатление на меня произвел батюшка — игумен Макарий. В суетном мире, в котором мы живем, каждый раз поражаюсь, встречая таких удивительных людей. Я бы сравнила отношение отца Макария к другим людям с добротой и любовью Христа. Рядом с таким человеком начинаешь чувствовать в себе свет. Как ребенок учишься по-новому любить людей, и за это я ему благодарна. Образ его светящейся улыбки я буду нести с собой по жизни». По словам другой паломницы: «Он имеет от Господа дар любви и утешения. Сколько бы ни приехало паломников, для каждого у него найдется улыбка и доброе слово, на горочке каждого помажет маслицем после молебна, каждому уготовано ведро воды из колодца, причем независимо от погоды и времени года. Паломники в шутку зовут о. Макария гидромонахом». К о. Макарию едут за духовным советом и помощью люди из многих городов России, исповедь он принимает перед началом Литургии.

Святыни:

• мощи прп. Варлаама Хутынского
• святая горочка, которую, по преданию, наносил своей скуфьею прп. Варлаам